توجد إدارة الاقطان بالخرطوم عاصمة السودان حيث المدير العام والإدارة التنفيذية ومجلس الادارة بينما توجد الادارات الميدانية تتنشر بين مختلف المناطق حيث الانتاج بالجزيرة والتخزين والشحن التصدير ببورتسودان.